Článek
Podle recenzovaného článku publikovaného v Journal of Proteome Research, zkoumání extremofilů z Andského vysokohorského jezera prostřednictvím pokročilého proteotypování, identifikovalo nové typy extrémofilů, které přežívají v drsném prostředí na Zemi a jednoho dne by mohli pomoci astrobiologům identifikovat mimozemský život.
Dokonale přizpůsobené mikroorganismy žijí v extrémních prostředích od hlubokomořských příkopů až po vrcholky hor. Dozvědět se více o tom, jak tito extrémofilové přežívají v nepřátelských podmínkách, by mohlo vědce informovat o životě na Zemi a potenciálním životě na jiných planetách.
Ve své studii vědci podrobně popisují metodu pro přesnější identifikaci extrémofilů založenou na proteinových fragmentech namísto genetického materiálu. Studie identifikovala dvě nové odolné bakterie z vysokohorských jezer v Chile, prostředí podobné jako raný Mars.
Proteinové fragmenty identifikovaly nové typy extrémofilů, které přežívají drsná prostředí na Zemi. Jednoho dne by mohly pomoci astrobiologům identifikovat mimozemský život.
Přestože lidé mají tendenci vyhýbat se usazování v extrémně horkých, studených nebo vysokohorských oblastech, některé mikroorganismy se přizpůsobily životu v takto drsných místech. Tyto extrémofilní mikroby jsou předmětem zájmu astrobiologů, kteří hledají život na jiných planetách.
Vědci v současné době používají individuální sekvenování genů k identifikaci mikrobů vázaných na Zemi na základě jejich DNA. Současné metody však nedokážou rozlišit blízce příbuzné druhy extremofilů. Ralf Moeller a kolegové tedy zkoumali, zda by mohli identifikovat extrémofila pomocí jeho proteinového podpisu spíše než genové sekvence.
Vědci zahájili svou demonstraci se vzorky vody z pěti vysokohorských andských jezer více než 2,3 mil nad mořem v chilském Altiplanu. (Pro informaci, Denver leží asi tisíc šest set km nad hladinou moře.) Ze vzorků vědci kultivovali 66 mikrobů a poté určili, která ze dvou metod lépe identifikovala mikroorganismy:
- Tradiční genové sekvenování porovnávalo nukleotidy genu 16s rRNA (typický gen pro analýzu mikrobů na základě sekvence) z každého vzorku s databází pro identifikaci.
- Novější technika „proteotypování“ analyzovala proteinové fragmenty známé jako peptidy, aby vytvořily peptidové podpisy, které tým použil k identifikaci mikroorganismů z databází proteomů.
Pomocí těchto metod vědci identifikovali 63 z 66 mikroorganismů, které byly kultivovány ze vzorků vysokohorského jezera. U tří mikroorganismů, které genové sekvenování nedokázalo identifikovat, protože jejich genetická informace nebyla v dostupné databázi, proteotypizace identifikovala dva potenciálně nové typy extremofilních bakterií. Tyto výsledky naznačují, že proteotypizace by mohla být úplnějším řešením pro identifikaci extremofilních mikroorganismů z malých biologických vzorků. Tým říká, že profilování proteinů by nám jednoho dne mohlo pomoci hledat a identifikovat mimozemský život a lépe prozkoumat biodiverzitu na naší planetě.
