Článek
Nacisté vyvinuli značné úsilí, aby udrželi tyto ústupové cesty pod svou kontrolou a neváhali proto použít nejbrutálnějšího násilí. Vynikala v tom zvláště skupina SS v Pelhřimově pod vedením Waltera Haucka.
V táborském směru došlo k několika tragickým událostem. V Leskovicích zastřelili příslušníci jednotek SS dne 6. května 25 občanů a vypálili a pobořili přes třicet stavení. O dva dny později došlo na přeplněné silnici u Lejčkova (křižovatka silnic „U sloupu“ v blízkosti obce Zahrádka Hrobská) ke sporu mezi maďarskou a německou jednotkou o přednostní právo dalšího postupu, který vyústil v ostrou a krvavou přestřelku. Některé projíždějící vojenské útvary (jednotka SS a pancéřový vlak) se domnívaly, že jsou napadeny partyzány a zahájily rovněž palbu. O život přišlo i 23 občanů z Lejčkova, Prasetína a okolních vsí. Ke krveprolití civilních obyvatel zmíněných obcí nemuselo zřejmě dojít, kdyby nebyli přistiženi a spatřeni ustupujícími německými vojáky při rabování odstavených a opuštěných vojenských nákladních automobilů, podél hlavní silnice. Jednotka SS zde vypálila osm usedlostí a několik hospodářských budov.
Ještě téhož dne došlo k dalšímu střetnutí ustupujících jednotek Wehrmachtu a SS na státní silnici do Písku. Prchajícím německým jednotkám mířících do amerického zajetí (na demarkační čáře u Podolského mostu) se dne 8. května postavili na odpor místní občané a nepočetná ozbrojená jednotka vládního vojska v Bernarticích. Vyvolaný střet nepřežilo 34 lidí, mezi nimi i předseda RNV, učitel František Hodík a 15 vládních vojáků z Písku. V posledním dnu války byli rovněž v Bernarticích na zahradě svého domu zavražděny příslušníky SS také děti Radbor, Drahomíra-Lidia a manžel, MUDr. Vlasty Kálalové - Lottiové. Těžce zraněné lékařce se podařilo masakr přežít, jen díky náhodě. Dva dny poté došlo k boji při odzbrojování německých jednotek v Opařanech, kterým hrozil stejný osud, jako v Leskovicích. Zapálení a vyvraždění obce zabránil včasný zásah sovětských jednotek, dislokovaných v nedaleké obci Stádlec.
Na jihozápadním ústupovém směru došlo rovněž k dalším neblahým událostem. V Jarošově nad Nežárkou odvezli němečtí vojáci čtyřicet rukojmí, jako odvetu za odzbrojení místní posádky. Když pak museli nacisté narychlo opustit Jindřichův Hradec, zajatce propustili.
Také na Třeboňsku zůstalo jen málo obcí bez obětí. Ustupující německé jednotky střílely po českém obyvatelstvu a zanechávaly za sebou mrtvé v Cepu, Dyníně, Chlumu u Třeboně, Majdaleně, Mláce, Mladošovicích a v Lomnici nad Lužnicí. Z 5. na 6. května ohrožovala Lišov dělostřelecká divize, která rozestavila kolem města asi 15 děl různých ráží. Po telefonickém jednání s československým velitelstvím v Českých Budějovicích však náhle odjela.
V posledních dnech války bylo zastřeleno v Českých Budějovicích několik civilistů, přihlížejících německému ústupu v ulicích města a ve Čtyřech Dvorech. Na Sokolském ostrově zastřelila 9. května jednotka SS dva neozbrojené členy Sokola. Několik kilometrů za městem padlo téhož dne do rukou ustupujícím nacistickým jednotkám 30 členů tzv. Národní stráže. Všichni měli být v lese u Lipí zastřeleni, ale po obezřetném zásahu českého četníka nakonec k exekuci nedošlo. Jeden ze zajatých byl však zavražděn při pokusu o útěk.1.)
Ještě předtím padlo několik civilních obyvatel v blízké Nedabyli a v noci z 5. na 6. května zaútočil silný oddíl SS na Trhové Sviny. Po dobytí města a represáliích na obyvatelstvu, odvedl oddíl SS s sebou 30 rukojmí, z nichž deset bylo popraveno na novohradské silnici ranou do týla. Dva z těch, kteří přežili, František Kurza a Josef Čutka, o tom po válce podali následující výpověď:2.) „Kolem šesté hodiny odpoledne jsme byli seřazeni …a pochod smrti začal. Hned za městem seskočil asi třicetiletý, zrzavý Němec z koně a s pistolí v ruce procházel mezi námi. Ranou do týlu zastřelil dva bratry Mačích z Čeřejova, druzí byli donuceni jejich mrtvoly odklidit a postupovat v cestě. Během tohoto pochodu zastřelili esesáci ještě tři další osoby. Zbývající rukojmí pak po malých skupinách pouštěli na svobodu. Na konci pochodu nás zůstalo jenom deset. Za vesnicí Žár jsme byli konečně propuštěni. Museli jsme běžet zpět podél celé kolony. Ve vesnici byla posádka, která nás znovu zajala. Uvěznili nás v průjezdě jednoho statku. Velitel nás chtěl postřílet. Naše štěstí bylo, že se za nás přimluvil místní starosta, Němec, a že naši věznitelé byli řadoví vojáci, většinou Rakušané. Přes dvě hodiny nás věznili a potom, každou půl hodinu, jednoho odváděli. Nevěděli jsme kam. Vyvedli nás za vesnici a tam nás propustili. Poslední zajatec byl propuštěn v půl čtvrté ráno.“
Postiženy byly také některé vesnice na Českokrumlovsku a Kaplicku, jako Rájov, kde v boji s jednotkou SS padlo několik maďarských vojáků a místních obyvatel nebo Besednice a Soběnov. Odtud 7. května odvlekli příslušníci SS pět mužů, jako rukojmí. Jejich hrob byl později nalezen v lese u rakouské obce Püranbrücken.3.)
1 StA Třeboň, fond D 2. Zpráva o zvěrstvech nacismu v okrese Č. Budějovice.
2 V. Veselý a kol., Trhové Sviny v boji a svobodné práci, Trhové Sviny, 1946. s. 17 n.
3 StA Třeboň, fond D2. Zpráva o zvěrstvech nacismu v okrese České Budějovice.