Článek
Tajný protokol k německo-sovětskému paktu o neútočení z 23. srpna 1939 doplněný tajným dodatkem k sovětsko-německé smlouvě o hranicích a přátelství z 28. září 1939 přiřknul do sféry vlivu Sovětskému svazu vedle východního Polska Finsko, všechny pobaltské státy a rovněž Bessarábii, která byla od roku 1918 součástí Rumunska. Šlo o území obývaná národy, které byly až do roku 1917 součástí Ruské říše a které využily faktické porážky Ruska v první světové válce k získání státní samostatnosti. Nyní SSSR považoval situaci za vhodnou k získání těchto území zpět.
Na podzim 1939 Sovětský svaz vnutil pobaltským státům smlouvy o vzájemné pomoci a získal tak souhlas s vybudováním sovětských vojenských základen. V Litvě bylo v říjnu 1939 umístěno 20 000 sovětských vojáků, v Lotyšsku 30 000 a v Estonsku 25 000. Proti Finsku, které podobnou dohodu odmítlo a nesouhlasilo ani s postoupením části svého území, zahájil 30. listopadu 1939 SSSR otevřenou válku. Tu sice Finsko po čtyřech měsících hrdinného odporu prohrálo a ztratilo část svého území, uhájilo však svou státní nezávislost. Ostatní pobaltské státy tolik štěstí neměly.
Vhodná mezinárodní situace k zahájení sovětské invaze do Pobaltí nastala po zahájení německé ofenzívy na západní frontě 10. května 1940, protože pozornost celého světa byla nyní upřena na Francii. Sovětský svaz nejprve zahájil ostrou tiskovou kampaň: vlády Litvy, Lotyšska i Estonska byly obviňovány z porušování neutrality, z tajné spolupráce s Francií a Velkou Británií a organizování nepřátelských akcí proti SSSR. Šlo o zástupné anebo zcela vymyšlené incidenty. Např. v případě Estonska byl za „důkaz“ porušení neutrality prohlášen úspěšný útěk internované polské ponorky „Orzeł“ (Orel) z přístavu v Tallinu do Velké Británie 17. září 1939, ačkoliv celou akci provedli polští námořníci, kteří přemohli estonské stráže. V případě Litvy zase Sovětský svaz obvinil 28. května 1940 litevskou vládu ze zodpovědnosti za údajný únos několika sovětských vojáků ve Vilniusu, ačkoliv s největší pravděpodobností tito vojáci z Rudé armády dezertovali. 9. června 1940 velitel leningradského vojenského okruhu maršál Sergej Timošenko nařídil soustředění vojsk tak, aby mohly kdykoliv počínaje 12. červnem obsadit území baltských států. O den později, 13. června, zahájilo sovětské baltské loďstvo blokádu estonských přístavů. 14. června 1940 bylo litevské vládě odevzdáno ultimátum požadující razantní zvýšení počtu sovětských vojsk na jejich území a ustavení „Sovětskému svazu přátelské“ vlády. Obsahově shodná ultimáta dostaly 16. června také vlády Lotyšska a Estonska. Avšak už 15. června vtrhla Rudá armáda do Litvy a jednotky NKVD přepadly lotyšskou pohraniční stanici Maslenki na hraniční řece Ludza. Následující den byla zahájena masívní invaze do Lotyšska a Estonska. Invazní armáda čítala půl milionu mužů, což bylo daleko více, než činily branné síly všech tří baltských států dohromady. I když litevský prezident Antanas Smetona vyzval litevské branné síly k odporu, jeho kabinet se postavil proti. Litevská armáda bez boje kapitulovala a rovněž armády Lotyšska a Estonska na příkaz svých vlád složily zbraně; výjimku tvořil jen jeden prapor umístěný v Tallinu, který se symbolicky postavil na odpor.
Ve všech třech pobaltských zemích existovaly před sovětskou okupací pravicové autoritativní režimy: v Litvě už od roku 1926, v Lotyšsku a Estonsku od roku 1934. Toho sovětské okupační úřady využily a pod heslem „obnovy demokratických pořádků“ ustavily loutkové „vlády lidové fronty“ složené z místních komunistů a některých dalších levicových politiků. Skutečnými vládci se ale stali sovětští zmocněnci – Vladimir Dekanozov v Litvě, Andrej Vyšinskij v Lotyšsku a Andrej Ždanov v Estonsku. Dosazené loutkové vlády vypsaly volby do tzv. „lidových shromáždění“, které měly být novými parlamenty. Volby probíhaly podle osvědčeného sovětského způsobu: v každém volebním obvodě byl postaven jen jeden kandidát. Účast v hlasování byla povinná: každý volič musel mít v občanském průkazu razítko volební komise, že se voleb skutečně zúčastnil, jinak mu hrozil postih. Kromě toho volby probíhaly v ovzduší otevřeného teroru, kdy sovětské bezpečnostní orgány denně zatýkaly sympatizanty někdejších vlád a odpůrce nového režimu. Podle oficiálních údajů se 99,6% voličů vyslovilo pro navržené kandidáty, což ovšem nelze brát vážně.
17. června 1940 Francie kapitulovala a byla vyřazena z války. Britské expediční síly se musely stáhnout z Francie a z Norska zpět na britské ostrovy. SSSR byl tichým spojencem Německa a vítězství Německa se v létě 1940 zdálo jisté. Stalin, který pravděpodobně do té doby počítal s ponecháním baltských republik jako formálně samostatných socialistických států, se rozhodl provést přímou anexi. Jakousi zkouškou reakce Velké Británie se stala anexe Besarábie. 26. června 1940 předložila sovětská vláda Rumunsku ultimátum požadující pod hrozbou vojenského zásahu odevzdání sporného území Besarábie a navíc ještě území severní Bukoviny včetně jejího hlavního města Černovic (ukrajinsky Černyvcy, rumunsky Chernăuţi) a to do čtyř dnů. Bukovina přitom nikdy nebyla součástí Ruska, nýbrž už od roku 1775 patřila k Habsburské monarchii, od které ji Rumunsko získalo v roce 1918. Protože SSSR se v tomto případě nemohl odvolávat na historický princip, obhajoval anexi tím, že většinu obyvatelstva severní Bukoviny tvoří Ukrajinci. Rumunská vláda se obránila s žádostí o pomoc do Londýna, ale odtamtud přišla rozpačitá odpověď v tom smyslu, že Velká Británie za současné situace nemůže Rumunsku pomoct. Doporučení, aby Bukurešť vyšla Moskvě vstříc, přišla vzápětí i z Berlína. Rumunská vláda proto ultimátum akceptovala. Okupace byla provedena během čtyř dnů. Území bylo připojeno k SSSR jako Moldavská sovětská socialistická republika. Hladký průběh anexe utvrdil Stalina v přesvědčení, že ani v případe Pobaltí nenastanou mezinárodní komplikace.
Lidová shromáždění, která se sešla v srpnu 1940, odhlasovala rezoluce požadující připojení k Sovětskému svazu jako svazových republik a obrátila se s touto žádostí na Nejvyšší sovět, který samozřejmě žádostem vyhověl. Litva se stala sovětskou republikou 3. srpna 1940, Lotyšsko 5. srpna a Estonsko 6. srpna. Bezprostředně poté nastaly masové deportace nepohodlných lidí do hloubi SSSR, přičemž na jejich místo přicházeli úředníci a odborníci z jiných částí SSSR. Sesazený lotyšský prezident Kārlis Ulmanis byl nejprve internován ve Stavropolu a pak v roce 1941 zatčen. Byl odvezen do Turkmenistanu, kde zemřel. Estonský prezident Konstantin Päts byl s celou rodinou internován v Ufě a v létě 1941 zatčen a pak odsouzen za „protisovětskou agitaci“. Zemřel v roce 1956. Pouze litevskému prezidentovi Smetonovi se podařilo utéci do Německa, odkud mu bylo povoleno odcestovat do USA. Tam v roce 1944 zemřel.
O tom, že by připojení pobaltských států k SSSR vyjadřovalo vůli většiny obyvatelstva nemůže být samozřejmě ani řeči. Známý finský spisovatel Mika Valtari, známý především jako autor románu Egypťan Sinuhet, ve své knize „Pravda o Estonsku, Lotyšsku a Litvě“ (1941; česky vyšlo v roce 2022 pod názvem Válka o pravdu) poskytl zevrubný popis sovětské okupace a následných represí, přičemž přidal zajímavou informaci: s úplnou anexí do SSSR údajně nepočítali ani místní komunisté. Není bez zajímavosti, že po druhé světové válce byla na sovětský zákrok kniha stažena z prodeje i ze všech veřejných knihoven.
Skutečné smýšlení obyvatel se velmi jasně ukázalo za necelý rok, když 22. června 1941 Německo zahájilo agresi proti SSSR. Obyvatelstvo pobaltských republik vesměs nevnímalo SSSR jako „svůj“ stát, který by mělo hájit. Naopak, považovalo Němce za osvoboditele, což se projevilo nejen v nadšeném vítání jednotek Wehrmachtu místním obyvatelstvem, ale i v masovém vzniku partyzánských jednotek, které úspěšně napadaly ustupující Rudou armádu. Politici různých směrů ve všech baltských státech začali formovat národní výbory jako základ prozatímních vlád. Nadšení místního obyvatelstva ale brzy vyprchalo: Hitler neměl v úmyslu obnovit samostatnost baltských republik. Prozatímní vlády byly rozpuštěny a na území Pobaltí zřízen „Říšský komisariát Ostland“, k němuž bylo připojeno i Bělorusko. Říšským komisařem se stal nacista Hinrich Lohse, který nese hlavní zodpovědnost za genocidu pobaltských Židů, byť je třeba v zájmu spravedlnosti říci, že především v Litvě a Lotyšsku se na pronásledování Židů podílely i místní polovojenské formace složené z litevských a lotyšských nacionalistů. Dobrovolnické jednotky baltských nacionalistů také bojovaly jako součást formací SS na straně Německa proti SSSR. Sny o samostatnosti každopádně skončily a sovětská diktatura byla vystřídána neméně krutou diktaturou nacistickou.
Velká Británie a USA anexi pobaltských republik de iure neuznaly, ovšem s ohledem na spojenectví se SSSR (od roku 1941) pro obnovu jejich samostatnosti nemohly nic udělat. V roce 1944 bylo Pobaltí oficiálně znovu inkorporováno do SSSR, byť pro sovětské úřady nebylo ovládnutí těchto území snadné. Část obyvatelstva přes špatnou zkušenost s německou okupací se znovu postavila proti postupující Rudé armádě na odpor se zbraní v ruce. Ani konec války v roce 1945 neznamenal ještě konec boje proti sovětské moci. V lesích Pobaltí až hluboko do padesátých let působily protisovětské partyzánské jednotky známé jako „lesní bratrstva“. Sovětské úřady obnovily masové deportace nepohodlných osob do jiných částí SSSR. Na druhou stranu do Pobaltí přicházelo ve velkém počtu ruskojazyčné obyvatelstvo. Protože ruština byla úředním jazykem na celém území SSSR, necítili tito lidé žádnou potřebu učit se místní jazyk. Tím docházelo k plíživé rusifikaci Pobaltí.
Lotyši, Litevci a Estonci nikdy Sovětský svaz za svoji vlast neuznali a čekali jen na vhodnou příležitost, aby se od něj odtrhli. Vhodná situace nastala po roce 1989, kdy byl SSSR oslaben. Po neúspěšném převratu v srpnu 1991 využily pobaltské národy příležitost a obnovili svou nezávislost. Anexe z roku 1940 byla konečně po půl století odčiněna.
