Článek
Provedení bylo svěřeno československé londýnské emigraci. O významné akci na území protektorátu musely předem vědět nacistické zpravodajské služby, neboť věděly o mnohem méně významných akcích. Že předem nezasáhly, může mít příčinu v tom, že Heydrichova hvězda stoupala v NSDAP tak strmě, že začala ohrožovat další nacistické špičky a také Hitlera, který však odstoupení z čela strany ani v duchu nepřipustil. Hitler byl zárukou toho, že nevraživost mezi nejvyššími nacisty na povrch nevypluje. Bez Hitlera by přišli o pozice i o moc.
Heydrich oproti běžným zvyklostem 27. května 1942 vyjížděl z Panenských Břežan se zpožděním. Parašutisté z Anthropoidu byli asi nervózní. Výcvik v Anglii a pět měsíců skrývání v protektorátu se samozřejmě podepsaly na jejich duševním stavu. Krátce po půl jedenácté Heydrich ve svém černém Mercedesu 320C, který řídil SS-Oberscharführer Johann Klein, dorazil do zatáčky. V zatáčce musel řidič výrazně přibrzdit, což byla chvíle, kdy mohli členové Anthropoidu zaútočit.
Gabčíkův samopal se zasekl, následovala improvizace. Speciálně vyrobená puma, kterou na vůz vrhnul Jan Kubiš, Heydrichův mercedes zasáhla. Výbuch prorazil pravé zadní dveře a sedačku, Heydrich byl zraněn střepinou bomby a útržky čalounění ze sedadla.
Gabčík s Kubišem se po akci dali na útěk. Zraněný Heydrich byl náhodně projíždějícím malým nákladním automobilem dopraven do blízké nemocnice, kde po prvním ošetření českými lékaři rozhodovali o způsobu léčení, na Heydrichovo přání, výhradně specialisté němečtí. Zpočátku to vypadalo nadějně a zprávy naznačovaly, že se zastupující říšský protektor uzdraví, ale kvůli infekci 4. června 1942 v devět hodin Reinhard Heydrich zemřel. Před 30 lety jeden český lékař, který při ošetření Heydricha asistoval, tvrdil, že k smrti výrazně přispěl strach, který na Heydricha dolehl.
Hitlera atentát rozzuřil a chtěl potrestat české obyvatelstvo, pro výstrahu popravit 10 000 obyvatel protektorátu. Asi hlavně kvůli stopám z britských ostrovů, o nichž ho přesvědčil K. H. Frank, se Hitler spokojil s vyvražděním a zbořením obce Lidice. Mimo to veškeré obyvatelstvo Čech a Moravy zažilo měsíc strachu. Popravy byly na denním pořadu, hlavní důvody represe byla pomoc teroristům, třeba jen smyšlená, a schvalování atentátu. Uvádělo se po válce, že za atentát zaplatilo životem 1 300 lidí, za následujících téměř 80 let byl počet obětí zaokrouhlen na vyšší čísla. Každého lidského života byla škoda, protože Heydrich byl zločinec světového formátu a měl být buď zlikvidován šikovnějším způsobem (mimo české území), nebo měl po válce stát před norimberským soudem.
S všeobecným schvalováním atentátu to v protektorátu nebylo tak jednoznačné, jak se tvrdilo po válce a někdy tvrdí doposud. Bylo to spíš vymyšlené obvinění ze strany okupačních orgánů. V prvních měsících roku 1942 byly ekonomické a sociální podmínky dělníků, řemeslníků a zemědělců na tak vysoké úrovni, jakou doposud nepoznali. Tyto skupiny obyvatelstva nechtěly výhody ztratit, atentát nechápaly a odsuzovaly.
Dne 3. července 1942 museli se všichni starostové z protektorátu povinně dostavit na shromáždění v pražské Lucerně, slíbit věrnost Říši, podporu okupačním orgánům a zúčastnit se manifestace na Václavském náměstí, kde asi 200 000 lidí ze všech českých krajů přísahalo věrnost Říši a atentát na Heydricha odsoudilo. Potlesk sklidil pochod jednotky protektorátního vojska. Večer 3. července bylo zrušeno stanné právo. Od nového školního roku, který začal 2. září 1942, byl v českých školách zaveden arijský pozdrav (Heil Hitler!) se šikmo vzhůru napjatou pravou rukou. Byla to krátkodobá záležitost, děti na takové zdravení zapomínaly, ani učitelé si nezvykli, a tak tento pozdrav z českých škol zase zmizel.
